Un décret, publié au Journal officiel du 30 juillet 2014, fixe la composition et les modalités de fonctionnement des missions d'appui technique constituées dans chaque bassin par le préfet coordonnateur afin d'accompagner la prise de compétence « gestion des milieux aquatiques et prévention des inondations » par les communes. Cette compétence s'exercera à compter du 1er janvier 2016, en application des dispositions de la loi de modernisation de l'action publique territoriale et d'affirmation des métropoles, dite Maptam, du 27 janvier 2014.
Composée de représentants de l'État et de ses établissements publics, la mission d'appui comporte également huit représentants élus « par et parmi le collège des élus du comité de bassin ». Chaque mission émet des recommandations sur l'identification et la définition d'outils utiles à l'exercice de la compétence Gemapi. Elle réalise par ailleurs un « état des lieux technique, administratif et économique » des ouvrages et des installations nécessaires à l'exercice de cette compétence, et ce « prioritairement pour les territoires à risque important d'inondation », ainsi qu'un état des lieux des linéaires des cours d'eau. La mission s'appuie pour ce faire sur l'état des lieux établi dans le cadre des Sdage et sur les plans de gestion des risques d'inondation.
