Créé en 1989 avec le suivi temporel des oiseaux communs (STOC), Vigie-Nature compte aujourd'hui 8 observatoires spécifiques. Sa spécificité est de s'appuyer sur des partenariats entre associations qui gèrent ces réseaux d'observateurs et scientifiques du Muséum qui analysent et restituent les données récoltées.
Vigie-Nature s'est progressivement ouvert à un public plus large en sollicitant les citoyens sur 3 observatoires grand public. L'observatoire de la biodiversité des jardins a été créé en 2006 avec Noé conservation. Aujourd'hui, près de 10 000 jardins ont été suivis, soit plus d'un million de papillons comptés. Sur le suivi photographique des insectes pollinisateurs (Spipoll) créé en 2010 avec l'Opie (office pour les insectes et leur environnement), près de 600 participants ont déjà pris 16 000 photos d'espèces, soit 417 taxa identifiés. Sauvages de ma rue, le dernier-né des observatoires est mené en partenariat avec le réseau Tela Botanica. Initié en 2011 sur l'Ile-de-France, cet inventaire des plantes urbaines sauvages réalisé par les citadins volontaires sera étendu dès 2012 à d'autres grandes villes françaises.
Fort de ces résultats, Gilles Boeuf, président du muséum, insiste sur l'apport des sciences participatives pour relever les enjeux de connaissance sur la biodiversité. « Les scientifiques ne pourraient pas recueillir autant de données sans l'appui des associations naturalistes et du grand public. A ce niveau, les sciences participatives qui s'appuient sur des protocoles scientifiques nous sont précieuses. Loin d'être une pseudo-science, ce nouveau type de collaboration entre chercheurs et société fait avancer la science et sensibilise le grand public à la protection de la nature ».Site du Muséum