En février 2011, le Syndicat interdépartemental pour l'assainissement de l'agglomération parisienne (Siaap) s'est vu notifier un redressement fiscal d'un montant de 6,1 millions d'euros ! La Direction générale des douanes et des droits indirects (DGDDI) a en effet estimé que le biogaz autoproduit par digestion des boues devait être soumis à la TVA. Et ce, même si le biogaz est autoconsommé. Le biogaz produit par la digestion des boues contient plus de 60 % de méthane, ce qui en fait, selon les douanes, un hydrocarbure gazeux qui devrait être « soumis à accise ». Sa production constitue en effet, d'après elles, « une mise à la consommation », et les volumes produits auraient dû être soumis à paiement de la TVA. Pour estimer le prix du biogaz issu des boues, la DGDDI s'est fondée sur le prix du gaz naturel. La somme de 6,1 millions d'euros est donc réclamée au titre des années 2007-2010, pour tout le biogaz produit sur les usines de Seine-Aval et de Seine-Amont et non brûlé en torchère. Mobilisé, le Siaap a saisi le gouvernement. Il insiste sur l'autoconsommation du biogaz, qui est une « livraison à soi-même » et ne devrait donc selon lui pas être soumis à TVA. Interrogé lors d'un colloque du Synteau le 10 mai, Bruno Leboullenger, chef du bureau de l'énergie à la Direction générale de la compétitivité, de l'industrie et des services du ministère de l'Économie, a reconnu que cette question faisait l'objet d'un « frottement fiscal » entre le ministère de l'Écologie et celui du Budget. Le premier veut promouvoir la méthanisation (notamment en agriculture), et l'initiative de la DGDDI envoie un signal contraire. Le secteur de l'assainissement n'est d'ailleurs pas le seul mis en cause par une procédure de ce type, d'après le chef du bureau de l'énergie. « Aujourd'hui, renoncer à une recette de TVA n'est pas une décision facile pour le gouvernement », a reconnu Bruno Leboullenger.