Le 10 octobre 2011, a été publié le décret n° 2011-1257 relatif aux programmes d'actions - national et régionaux - à mettre en oeuvre en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole. Ce texte est une réponse de la France aux griefs de la Commission sur sa mauvaise application du texte de 1991. Paradoxalement, il relève les plafonds d'épandage d'azote grâce à des subtilités de calcul, permettant d'augmenter de 20 % les quantités d'azote épandues, une orientation qualifiée « d'absurde » par l'association Eaux et rivières de Bretagne. Dans la foulée, les ministères de l'Écologie et de l'Agriculture ont lancé une consultation publique d'un mois sur les arrêtés qui précisent les programmes régionaux mis en place dès mi-2012. La réforme engagée se poursuivra en 2012 avec la publication d'un second texte précisant les apports d'azote autorisés dans les zones les plus sensibles. La France en est à son quatrième programme d'action en zones vulnérables (2009-2012) qui concerne 55 % de la surface agricole hexagonale.
