Face au constat alarmant qui pèse sur le modèle de financement des réseaux de transports urbains, la Cour des comptes préconise, dans son rapport annuel 2015, différentes solutions à l'égard des transports publics urbains qu'elle définit comme un enjeu économique, social et environnemental de premier plan. Dans un chapitre intitulé « Les transports publics urbains de voyageurs : un nouvel équilibre à rechercher », les magistrats relèvent d'abord les dysfonctionnements propres à ce secteur, puis ils dressent une liste de recommandations afin de rationaliser l'offre, maîtriser les coûts d'exploitation et mutualiser les commandes. Selon la Cour, ce service public est soumis à de fortes contraintes financières.
Premièrement, l'extension des réseaux périurbains dont la superficie a augmenté de 40 % entre 2008 et 2013 est la cause d'une « explosion du coût kilométrique marginal ». Deuxièmement, la Cour des comptes dénonce le marché oligopolistique du secteur des transports urbains français où deux sociétés accaparent les trois quarts du marché. Enfin, le poids des charges de personnel participe à ce déséquilibre financier, les conditions de travail étant jugées trop « accommodantes » par les magistrats.
La Cour des comptes suggère donc d'améliorer la productivité des personnels des entreprises de transport urbain. De plus, les magistrats évoquent la possibilité de rationaliser l'offre de transport, c'est-à-dire de densifier et simplifier le réseau à l'intérieur du centre-ville tout en remplaçant les lignes de transport trop peu fréquentées par des services alternatifs (création de parc relais, développement des pistes cyclables, promotion du covoiturage). Enfin, la Cour suggère que l'attractivité des transports en commun soit davantage mise en avant afin d'en augmenter la fréquentation, que la tarification soit réévaluée et que la lutte contre la fraude soit renforcée.