Il prévoit que l'entreprise semencière demandeuse pourra exclure certains pays du champ d'application de l'autorisation demandée à la Commission européenne, de même que les États membres pourront demander à être exclus du périmètre géographique de l'autorisation. Si l'entreprise accepte cette exclusion géographique, l'autorisation sera alors accordée uniquement pour les pays qui n'ont pas objecté. Si l'entreprise refuse d'ajuster le champ d'application géographique de l'autorisation, les pays qui veulent interdire ou limiter la culture sur tout ou partie de leur territoire pourront le faire en invoquant des motifs dont la liste est intégrée dans la législation. Dans tous les cas, la Commission servira obligatoirement d'intermédiaire et de facilitateur entre l'entreprise et les États membres. Les motifs qui pourront être invoqués sont larges : des objectifs de politique environnementale, des raisons d'aménagement urbain ou rural, les impacts socio-économiques, la nécessité d'éviter la présence d'OGM dans d'autres produits, des objectifs de politique agricole, voire des raisons d'ordre public. Pour la ministre française de l’Ecologie, « cette directive offre une plus grande flexibilité d'action et une plus grande sécurité juridique ». Mais Ségolène Royal demande néanmoins « que l’examen au Parlement  Européen soit l’occasion d’inscrire dans le droit le renforcement des exigences pour l’évaluation des études sanitaires et environnementales ainsi que la question de la responsabilité des contaminations transfrontalières ». Le député vert José Bové dans Le Monde parle lui d’une « illusion de bonne solution ». Il craint un assouplissement et une accélération des autorisations de cultures OGM dès lors que chaque Etat pourra s’y opposer ensuite. Et met en garde contre les contentieux inévitables devant l’OMC. Ce nouveau texte doit encore être approuvé par le Parlement européen pour une adoption définitive d’ici au début 2015.