Lors de son rapport annuel présenté en début d'année, la Cour des comptes consacrait un chapitre aux agences de l'eau constatant que « les importants moyens dont elles disposent pourraient être employés de manière plus efficace ». Comme le prévoit la loi, la Cour des comptes a donc adressé un référé complet reprenant ses observations et recommandations à Ségolène Royal, ministre de l'Ecologie. Deux mois plus tard, ce référé et les réponses apportées par la ministre sont rendus publics. Dans son référé, la Cour rappelle que les redevances perçues par les agences ont augmenté de 24 % entre 2007 et 2013 leur procurant « une aisance financière certaine  ». Elle regrette qu'elles n'aient alors pas accentué la sélectivité des aides délivrées qui représentent 90 % des dépenses des agences.  Des chiffres contestées par Ségolène Royal qui rappelle que « en enlevant des produits des redevances, la part revenant au programme Ecophyto, le montant de la contribution à l'Onema et le prélèvement de l'État, l'augmentation des capacités d'intervention des agences en moyenne annuelle entre le 9ème et le 10ème programme d'intervention est de 2,63 %. » La Cour critique une gestion des ressources humaines coûteuse, des dépenses de communication et d'aide à l'international à contenir. Un contrôle trop léger de l'attribution des aides Elle recommande de renforcer les outils de contrôle interne et regrette que peu d'agences aient développé un contrôle au stade de l'instruction des dossiers. « D'une manière générale, le processus d'instruction et d'attribution des aides est insuffisamment documenté et difficilement traçable », commente-t-elle. Elle préconise de renforcer la mutualisation entre agences. Si elle est relativement développée au niveau des outils informatiques, à l'exception de l'agence Seine-Normandie épinglée pour son système d'information trop coûteux, elle l'est encore peu dans des domaines comme la communication, la formation professionnelle ou l'expertise juridique. Dans sa réponse, Ségolène Royal rejoint la Cour sur la nécessité d'améliorer la sélectivité des aides arguant néanmoins que des progrès ont déjà été réalisés entre le 9ème et le 10ème programme. Plusieurs groupes de travail existent entre agences notamment sur la question de la mutualisation. Ainsi les budgets concernant les systèmes d'information des agences et de l'Onema ont baissé de 23 % entre 2009 et 2011 selon la ministre.PRBPour accéder au référé et à la réponse de Ségolène Royal