L'analyse par PCR (Polymerase Chain Reaction) est, depuis deux ans, une méthode normalisée pour la détection des légionelles. Mais bien qu'appréciée pour sa rapidité et sa précision, elle a pour limite de ne pas distinguer bactéries mortes et vivantes, et donc de surestimer le risque. L'Institut Pasteur a donc développé une méthode de prétraitement pour éliminer les bactéries non viables avant leur comptage. La méthode V-PCR utilise des molécules spécifiques qui pénètrent dans les cellules et se lient avec l'ADN non viable, empêchant alors toute réaction PCR. Tout en étant rapide, cette méthode s'avère mieux corrélée avec les analyses sur boîtes de Pétri qui comptabilisent les bactéries cultivables. L'approche de V-PCR est aujourd'hui envisagée pour les espèces du genre Pseudomonas et E-Coli.