Accompagner la création d'entreprises innovantes via une palette de services individuels et collectifs allant de l'aide à l'investissement à la mise en relation ou l'hébergement, c'est la vocation des incubateurs. Si leur profil se révèle pluriel, entre structures privées, d'école, voire d'innovation sociale, une trentaine d'incubateurs publics ont été fondés en France par la loi Allègre de 1999 pour valoriser les projets de recherche publique. Leur financement est globalement porté par l'État, les Régions et leurs fonds privés. Pour les régions qui les soutiennent fortement, ces incubateurs Allègre représentent l'un des principaux leviers d'aide directe à la création d'entreprises. Ils intègrent chacun une dizaine de nouveaux projets par an en moyenne, soit environ 200 nouvelles entreprises innovantes voyant le jour annuellement en France. Les projets soutenus pendant un ou deux ans reflètent la spécificité des pôles universitaires régionaux et évoluent vers une innovation au sens large, incluant marchés et services et plus seulement les technologies de rupture. Ces incubateurs publics restent généralistes pour favoriser la diversité des filières économiques sur les territoires.
Par exemple, les cleantech représentent 6 % des projets de l'incubateur Midi-Pyrénées malgré la forte présence du spatial. En Provence-Alpes-Côte d'Azur, leur croissance atteint 10 à 15 % par an depuis cinq ans qu'existe Impulse, estime Maxime Defous, directeur de l'incubateur qui privilégie le caractère innovant d'un projet plutôt que son secteur. Avec de belles références, comme Dual Sun créée en 2010 sur le solaire hybride, Crosslux ou SP3H.
D'autres structures agissent en complément. L'association Paris Région Lab incubateurs, fondée par la capitale et soutenue par l'Île-de-France, a fait décoller plus de 500 entreprises. À son actif, quelques gros succès comme Leosphere ou Certinergy, spécialiste des certificats d'économies d'énergie qui emploie près de 200 salariés. « Pour structurer notre développement, nous avons sectorisé nos activités. L'incubateur Cleantech créé il y a trois ans a déjà lancé entre 30 et 40 entreprises, no tamment dans les énergies renouvelables et les smart cities », explique Yann Bercq-Delost, responsable de l'incubateur Cleantech. l