L'Agence régionale de santé Centre, la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement de bassin et l'agence de l'eau Loire-Bretagne ont publié un bilan de la protection des captages d'alimentation en eau potable (AEP) à la fin 2010. Sur un objectif de 100 % fixé à cette date, seuls 68 % des 5 730 captages du bassin ont fait l'objet d'un arrêté de DUP (déclaration d'utilité publique), soit 75 % des débits prélevés. Une performance supérieure au niveau national, qui affiche 60 % de captages protégés par DUP (69 % des débits). Cependant, plus de 1 200 captages n'en sont qu'au stade de l'avis hydrogéologique, alors qu'aucune procédure n'a encore été engagée pour près de 500 d'entre eux. Sur la dernière décennie, 800 captages (13,7 %) ont été abandonnés pour des raisons principalement administratives. Ce qui représente deux captages en moyenne abandonnés par an et par département, soit moins de 5 % du volume total de la production en eau potable du bassin (2,6 millions de mètres cubes par jour). Près de 220 captages seront encore abandonnés dans l'avenir pour suivre la mise en oeuvre des schémas d'AEP, dont un tiers situé en Eure-et-Loir. Enfin, sur les 128 aires d'alimentation de captage « Grenelle », 52 programmes d'actions sont en cours et 14 captages des Côtes-d'Armor et du Finistère font l'objet de contrats territoriaux.