Deux études du CGEDD sur la teneur en pesticides et en nitrates des ressources en eau montrent une contamination quasi généralisée. Ainsi, les pesticides sont détectés sur 93 % des points de mesure des cours d'eau français. Si seuls 4 % d'entre eux dépassent la norme, leurs concentrations en hausse et la diversité des substances identifiées apparaissent préoccupantes. La situation l'est beaucoup plus en outre-mer, notamment en Martinique où 74 % des points dépassent la norme. Côté eaux souterraines, la situation est meilleure même si – à l'exception de la Corse – aucun secteur mesuré n'est épargné par les pesticides. Ainsi, ils sont décelés sur 63 % des points de mesure effectués en France métropolitaine et sur 57 % dans les Dom-Com. Précisons que 37 % des points de suivi présentent une contamination relativement faible avec des concentrations inférieures à 0,1 µg/l. Concernant les nitrates, l'étude du ministère de l'Écologie porte uniquement sur ce type de ressource en eau. Elle établit qu'en 2011, 11 % des nappes métropolitaines ont des concentrations élevées, voire très élevées, c'est-à-dire supérieures à 40 mg/l. Globalement, 4 % des nappes sont considérées en situation « très défavorable », avec de fortes concentrations, en constante augmentation. C'est le cas d'une nappe du Nord-Pas-de-Calais, de la nappe de la Beauce et de celles bordant le sud du Massif armoricain. Plus particulièrement, 8 % d'entre elles sont qualifiées de « préoccupantes ». Elles sont situées dans le nord de la Bretagne, le Bassin parisien, la région Centre ou encore Poitou-Charentes.