La Cour des comptes pointe en particulier que des intérêts catégoriels peuvent intervenir dans l'attribution des aides versées et que les redevances perçues ne reflètent pas suffisamment le principe du pollueur-payeur. La première remarque s'appuie sur la composition même des organes de décision des agences, en particulier celle du comité de bassin qui détermine celles du conseil d'administration et de la commission des aides. Sa composition, malgré une réforme récente, sur-représente les secteurs de l'industrie et de l'agriculture. S'y ajoute l'opacité des décisions d'attributions des aides puisque la liste des bénéficiaires et les montants versés ne sont pas systématiquement rendus publics. De plus, tant le type d'aides que leur taux restent à l'appréciation des agences. Et la Cour de souligner « la nécessité de renforcer la sélectivité et de systématiser leur évaluation ». L'autre critique (récurrente) vise les redevances. « En 2013, 87 % des redevances étaient supportées par les usagers domestiques...alors que ceux dont l'activité est à l'origine de pollutions graves ne sont pas sanctionnées en proportion des dégâts qu'ils provoquent ». Cette fois, la Cour des Comptes en fait porter la responsabilité au législateur. « La loi sur l'eau et les milieux aquatiques en modifiant l'assiette et le taux de certaines redevances a constitué un recul dans l'application du principe pollueur-payeur ». Ainsi les agriculteurs n'apportent que 6 % de redevances. Et celles des industriels ont même baissé de 15 % dans les cinq dernières années. La Cour des Comptes préconise donc de mettre en place un dispositif de prévention des conflits d'intérêt, de rendre publiques les décisions d'attribution des aides et leurs bénéficiaires, de fixer des taux planchers pour les redevances, de renforcer la taxation des pollutions agricoles, d'accroître la sélectivité des aides et d'évaluer les interventions.Le rapport annuel de la Cour des Comptes