Les députés ont supprimé certaines des missions de la future agence. Rôle d'information et de conseil sur l'utilisation des produits phytosanitaires, évaluation des dommages agricoles et forestiers causés par les espèces animales protégées... Il reviendra en outre à l'Etat, et non à l'AFB, d'assurer la mission de concevoir, d'animer et d'évaluer l'inventaire national du patrimoine naturel.
Suivi et coordination
En revanche, sur proposition de la députée des Deux-Sèvres Geneviève Gaillard, l'AFB apportera son soutien à l'Etat pour l'élaboration et le suivi de la stratégie nationale pour la biodiversité. Par ailleurs, à la demande de députés ultramarins, l'AFB devra mettre en place, « en tant que de besoin, des délégations territoriales ». Par ailleurs, la nouvelle rédaction de l'article 9 fait mieux apparaître qu'il appartient aux régions et à l'Agence de se coordonner. Enfin l'article 11 bis est rétabli, laissant la porte ouverte à l'opportunité d'une fusion avec d'autres établissements publics nationaux.
La gouvernance des agences de l'eau
Concernant le titre III bis sur la gouvernance de l'eau, un amendement du président du Comité national de l'eau, Jean Launay (SRC-Lot), précise la représentation des usagers non économiques dans les conseils d'administration des agences de l'eau (art. 17 quater). A l'article 17 quinquies, le dispositif de prévention des conflits d'intérêt dans la gouvernance des agences de l'eau (système de commission des aides et régime d'incompatibilités) est rétabli.PML